Крупнейшая река Киргизии — Нарын образуется слиянием Большого и Малого Нарына, берущих начало от ледников в районе сыртов. (Общая площадь ледников в бассейне Нарына свыше 1 тыс. км).
Пересекая республику с востока на запад, Нарын достигает Ферганской долины, где, сливаясь с Карадарьей, образует Сыр-дарыо. По водности (годовой сток 14 кубических км) Нарын уступает рекам равнинной части нашей страны (Волге в 18 раз, Днепру в 3 и Дону в 2 раза), но уклон Нарына и других рек Киргизии во много раз больше, чем у равнинных рек. Если средний уклон Волги 7,2 см на км, то у Нарына 3 м, а его притока Кёке-мерена — 8 м на км. Такие большие уклоны определяют превосходство в гидроэнергетических ресурсах рек Киргизии над многими крупными реками страны..
По запасам энергоресурсов Нарын лишь немного уступает таким рекам, как Волга и Амур. К системе Сырдарьи относятся реки Ферганской долины и аткал. Они имеют снеговое и ледниковое питание и отличаются большим падением. Наиболее значительная из них Ка-радарья играет большую роль в орошении восточной часта Ферганской долины.
К системе Амударьи относится река Кызыл-Суу в Алайокой долине. Главный источник ее питания — талые воды снегов и ледников Алайского и особенно Заалайского хребтов. По водности она лишь немного уступает Таласу. Кызыл-Суу является истоком Вахша — крупного притока Амударьи.
Реки Чу и Талас образуют самостоятельные речные системы. Низовья их находятся в Казахстане. Там они теряются в песках пустыни Муюнкум.
Река Чу берет начало у ледников Внутреннего Тянь-Шаня. Средний уклон реки 5 метров на км. Из Кочкорской долины она выходит на прибрежную равнину Иссык-Кульской котловины. Здесь, в нескольких километрах от озера, река резко поворачивается на запад к Боомскому ущелью и по нему выходит в пределы Чуйской долины. Однако Чу не всегда текла мимо Иссык-Куля. Сохранилось старое сухое русло, по которому она в прошлом вливалась в него. Тогда из Иссык-Куля был сток по Боомскому ущелью. По предположениям ученых в четвертичный период произошло поднятие небольшого участка западного побережья Иссык-Куля, которое преградило путь Чу к озеру, и река направилась непосредственно в Боомское ущелье.
По выходе из Боомского ущелья значительная часть воды Чу забирается в ирригационные каналы, а главным источником ее питания становятся грунтовые воды.
Река Талас основное питание получает от левых притоков, которые берут начало у ледников Таласского хребта. С Киргизского хребта, который здесь ледников не имеет, стекают небольшие притоки снегового и родникового питания, Воды Таласа, как и Чу, используются для орошения не только в Киргизии, но и в Казахстане. К бассейну Иссык-Кульской котловины относится несколько десятков горных речек, но только шесть из них имеют расход более 5 кубических м/сек. В западной части котловины, в связи с сухостью климата, рек немного, и они маловодны. На востоке, где атмосферных осадков больше и в горах есть ледники, реки многоводнее. Наиболее значительные из них Тюп и Джергалан.
У восточной границы с Казахстаном в Тескей-Ала-Тоо берет начало р. Каркара, относящаяся к бассейну озера Балхаш.
К бассейну Тарима принадлежат Сары-Джаз, Ак-Сай и др. Они прорезают пограничные хребты и уносят свои воды за пределы республики. В их питании большую роль играют крупные ледники горного массива Хан-Тенгри, Кокшаал-Тоо, южного склона Тескей-Ала-Тоо и других хребтов.
